...是不是每一个人的双眼里都隐藏着深不见底的谜？
最深的爱？是拼命挽留中无情消逝记忆的无助? 是由仰慕，占有不得而怨恨的伤害？ 是尊重的克制隐忍？是互相欣赏中读懂彼此的倾囊相助？
最狠的惩罚？是耀武扬威的威胁？是穷凶极恶的灭口？是尖利的痛苦被延展到至一生的长度的无动声色中的报复？
“人性”被用来概括一件事是作为借口的偷懒办法，如同难料世事面前一声叹息般的挡箭牌，无助且愚蠢。
很难用一个主题来概括《谜一样的双眼》，这也许是作者，编剧，导演的高超所在。
退休的检查官本杰明对25年前的奸杀案件念念不忘，他必须把它写成小说，他必须记录他的坚持，老板的压力，罪犯的逍遥法外，女律师的相惜，酒鬼同事的智慧和以生命为代价的帮助。
美丽女孩莉莉安娜在奸杀案中丧生，同僚罗马诺酷刑逼供两名泥瓦匠，草草结案。
莉莉安娜的丈夫里卡多在怀念妻子中悲伤度日，他得知被抓获的凶手将会在牢狱中度过余生，他认定这是百倍好于死刑的惩罚。他坚信本杰明可以帮助他伸张正义。他尽一切努力开始寻找真凶，他翻看莉莉安娜旧日的相册，一方面试图记住爱妻的点滴，另一方面寻找线索。
细心的本杰明也在相册中找到线索，很快把目标锁定在伊西多罗身上。他和他极其欣赏的酒鬼同事巴布罗不惜潜入凶手母亲的家中，盗得书信。正当本杰明苦思冥想，对着字面犯难时，巴布罗洞悉了字面意思下的内容：“一个人可以改变朋友，地址，一切物质的东西，但是他永远不会改变他的热爱。”
他们在疯狂的足球赛场，万人观众中找到了凶手，并且捉拿归案。按理说，他们实施不合规的审讯，稀少而不给力的证据足以让他们陷入被反击的境地。同为同事的聪明律师艾琳仅凭凶手一个猥琐的眼神，心中断定凶手非此人莫属，她劝解本杰明的同时，故意使用激将法，把伊西多罗的自尊， 那个自以为得不到死者认可的自尊剥落得干干净净，被激怒的凶手在试图护卫尊严过程中轻松供认罪行。
凶手由爱而奸杀崇拜的莉莉安娜是合情的逻辑？还是变态的极端？隐藏在每个人心底最脆弱的东西，是不能被轻视，鄙夷，踩在脚下的，长久的自卑爆发出不可估量的力量，冲破了正常理智的范畴，铤而走险。
一波三折，本应该伏法的凶手逍遥法外，这给了莉莉安娜丈夫最沉重的打击。当本杰明向他阐述对来自政界黑暗保护的无能为力时，里卡多道出了对惩罚的理解，他宁愿看到凶手在狱中，在一天天的煎熬中接受良心谴责，至少失去自由的限制中接受惩罚，而不愿意被几颗子弹或在安稳睡去中一刹那间死去。
是对妻子强烈的爱催生出对坏蛋这种刻骨铭心的惩罚。莉莉安娜在痛苦中结束了生命，里卡多要在余生把惩戒凶手作为一生的使命，不如此，他无法排遣对妻子的思念和痛惜。本杰明，艾琳，巴布罗，他们在履行工作义务，还受害者正义的同时，其实也是在做自己人生认为正确而重要的事。
世间千差万别的使命，交织着爱恨情仇，在人们的历史上如一幕幕话剧，鲜活和生生不息，你甚至无法简单断明对与错。
昔日的罗马诺是政府的红人，凶手的逍遥法外正是出于他的庇护，而且他还口出狂言，威胁上门质问的本杰明和艾琳。 他用“忘记记忆”作为警告，让他们知难而退。受到保护的凶手更是气焰嚣张，政府工作人员的身份是威胁本杰明和艾琳的保护伞，买通帮凶杀害本杰明，阴差阳错，巴布罗成了替死鬼。
如果说先前本杰明深究案件不放是出于正义的缘故，而在巴布罗被害，25年后探访里卡多两件事情中，更多的思考把更多的意想不到呈现在观众面前。
在闯入室内行凶坏人的质问下，巴布罗承认自己是本杰明，并且悄悄放倒本杰明家里的多处照片；里卡多移居偏远小镇，给人们逃遁悲伤的表面现象。在本杰明的一再追问下，本来用“忘记记忆”推脱的他承认了跟踪凶手，赏给他几颗子弹的事实，也许是出于对过往对话的格外记忆。
敏锐的思考一直在帮助本杰明， 他忘不了里卡多对死刑和无期徒刑的严肃理解。在影片将近结束时，在本杰明驱车离开里卡多住所途中，他又折回来，看到了这样一幕：原来里卡多并没有杀死凶手，而是一直囚禁着他，用他理解的最痛苦的方法惩罚着杀害妻子的凶手，而凶手也得到了真正的惩罚，因为他使用了莉莉安娜临死之前绝望的求情 -“救救我”。
本杰明再次陷入抉择的时候，他将和艾琳商量这一次更大的挑战，电影在徐徐关上的门中落下帷幕。
本杰明和艾琳的彼此倾慕，爱恋作为一条若隐若现的线索始终贯穿其中。年轻时出于容貌，气质吸引，彼此心生好感，办案中艾琳对本杰明伸张正义和坚持不懈的肯定与赞赏，本杰明对艾琳聪明和果敢的欣赏，让彼此的爱一点点在帮助，尊重中升华。他们是永远的挚友，让尊重保护爱，才有了对写小说私事的坦诚，也才会有对案件出乎意料的一致。本杰明把无意流露的“我害怕”改成了“我爱你”， 艾琳也肯定了车站一别的一幕应该改成带我走的桥段。
本杰明，艾琳，巴布罗，甚至有点执拗的里卡多，他们尽着自己的力量，完成着他们一生中最重要的使命，也许这就是人生在平凡人身上的意义所在。
