...是不是每一個人的雙眼裡都隐藏着深不見底的謎？
最深的愛？是拼命挽留中無情消逝記憶的無助? 是由仰慕，占有不得而怨恨的傷害？ 是尊重的克制隐忍？是互相欣賞中讀懂彼此的傾囊相助？
最狠的懲罰？是耀武揚威的威脅？是窮兇極惡的滅口？是尖利的痛苦被延展到至一生的長度的無動聲色中的報複？
“人性”被用來概括一件事是作為借口的偷懶辦法，如同難料世事面前一聲歎息般的擋箭牌，無助且愚蠢。
很難用一個主題來概括《謎一樣的雙眼》，這也許是作者，編劇，導演的高超所在。
退休的檢查官本傑明對25年前的奸殺案件念念不忘，他必須把它寫成小說，他必須記錄他的堅持，老闆的壓力，罪犯的逍遙法外，女律師的相惜，酒鬼同事的智慧和以生命為代價的幫助。
美麗女孩莉莉安娜在奸殺案中喪生，同僚羅馬諾酷刑逼供兩名泥瓦匠，草草結案。
莉莉安娜的丈夫裡卡多在懷念妻子中悲傷度日，他得知被抓獲的兇手将會在牢獄中度過餘生，他認定這是百倍好于死刑的懲罰。他堅信本傑明可以幫助他伸張正義。他盡一切努力開始尋找真兇，他翻看莉莉安娜舊日的相冊，一方面試圖記住愛妻的點滴，另一方面尋找線索。
細心的本傑明也在相冊中找到線索，很快把目标鎖定在伊西多羅身上。他和他極其欣賞的酒鬼同事巴布羅不惜潛入兇手母親的家中，盜得書信。正當本傑明苦思冥想，對着字面犯難時，巴布羅洞悉了字面意思下的内容：“一個人可以改變朋友，地址，一切物質的東西，但是他永遠不會改變他的熱愛。”
他們在瘋狂的足球賽場，萬人觀衆中找到了兇手，并且捉拿歸案。按理說，他們實施不合規的審訊，稀少而不給力的證據足以讓他們陷入被反擊的境地。同為同事的聰明律師艾琳僅憑兇手一個猥瑣的眼神，心中斷定兇手非此人莫屬，她勸解本傑明的同時，故意使用激将法，把伊西多羅的自尊， 那個自以為得不到死者認可的自尊剝落得幹幹淨淨，被激怒的兇手在試圖護衛尊嚴過程中輕松供認罪行。
兇手由愛而奸殺崇拜的莉莉安娜是合情的邏輯？還是變态的極端？隐藏在每個人心底最脆弱的東西，是不能被輕視，鄙夷，踩在腳下的，長久的自卑爆發出不可估量的力量，沖破了正常理智的範疇，铤而走險。
一波三折，本應該伏法的兇手逍遙法外，這給了莉莉安娜丈夫最沉重的打擊。當本傑明向他闡述對來自政界黑暗保護的無能為力時，裡卡多道出了對懲罰的理解，他甯願看到兇手在獄中，在一天天的煎熬中接受良心譴責，至少失去自由的限制中接受懲罰，而不願意被幾顆子彈或在安穩睡去中一刹那間死去。
是對妻子強烈的愛催生出對壞蛋這種刻骨銘心的懲罰。莉莉安娜在痛苦中結束了生命，裡卡多要在餘生把懲戒兇手作為一生的使命，不如此，他無法排遣對妻子的思念和痛惜。本傑明，艾琳，巴布羅，他們在履行工作義務，還受害者正義的同時，其實也是在做自己人生認為正确而重要的事。
世間千差萬别的使命，交織着愛恨情仇，在人們的曆史上如一幕幕話劇，鮮活和生生不息，你甚至無法簡單斷明對與錯。
昔日的羅馬諾是政府的紅人，兇手的逍遙法外正是出于他的庇護，而且他還口出狂言，威脅上門質問的本傑明和艾琳。 他用“忘記記憶”作為警告，讓他們知難而退。受到保護的兇手更是氣焰嚣張，政府工作人員的身份是威脅本傑明和艾琳的保護傘，買通幫兇殺害本傑明，陰差陽錯，巴布羅成了替死鬼。
如果說先前本傑明深究案件不放是出于正義的緣故，而在巴布羅被害，25年後探訪裡卡多兩件事情中，更多的思考把更多的意想不到呈現在觀衆面前。
在闖入室内行兇壞人的質問下，巴布羅承認自己是本傑明，并且悄悄放倒本傑明家裡的多處照片；裡卡多移居偏遠小鎮，給人們逃遁悲傷的表面現象。在本傑明的一再追問下，本來用“忘記記憶”推脫的他承認了跟蹤兇手，賞給他幾顆子彈的事實，也許是出于對過往對話的格外記憶。
敏銳的思考一直在幫助本傑明， 他忘不了裡卡多對死刑和無期徒刑的嚴肅理解。在影片将近結束時，在本傑明驅車離開裡卡多住所途中，他又折回來，看到了這樣一幕：原來裡卡多并沒有殺死兇手，而是一直囚禁着他，用他理解的最痛苦的方法懲罰着殺害妻子的兇手，而兇手也得到了真正的懲罰，因為他使用了莉莉安娜臨死之前絕望的求情 -“救救我”。
本傑明再次陷入抉擇的時候，他将和艾琳商量這一次更大的挑戰，電影在徐徐關上的門中落下帷幕。
本傑明和艾琳的彼此傾慕，愛戀作為一條若隐若現的線索始終貫穿其中。年輕時出于容貌，氣質吸引，彼此心生好感，辦案中艾琳對本傑明伸張正義和堅持不懈的肯定與贊賞，本傑明對艾琳聰明和果敢的欣賞，讓彼此的愛一點點在幫助，尊重中升華。他們是永遠的摯友，讓尊重保護愛，才有了對寫小說私事的坦誠，也才會有對案件出乎意料的一緻。本傑明把無意流露的“我害怕”改成了“我愛你”， 艾琳也肯定了車站一别的一幕應該改成帶我走的橋段。
本傑明，艾琳，巴布羅，甚至有點執拗的裡卡多，他們盡着自己的力量，完成着他們一生中最重要的使命，也許這就是人生在平凡人身上的意義所在。
