在侦破一桩极其惨无人道的奸杀案的过程中，得知师傅在追捕过程中被逃犯撞了一下而引发心梗去世的消息，三大队警察愤怒失手打死了刚被缉拿的另一罪犯同伙，整个大队成员因恶劣执法刑讯逼供的罪名全部锒铛入狱。
而在他们服刑的几年中，案件仍未结案、逝者无法安息，罪犯逍遥法外。
随着刑期长短陆续出狱，各自找了一些营生维持生计，最后队长程兵出狱，原组人马重新集结，誓将罪犯绳之以法。他们以普通人的身份查案缉凶，虽然凭着过硬的业务技能也屡有斩获，但依然困难重重，成员因此也纷纷中途掉队。
...但即使只有自己一个人，程兵也誓将罪犯伏法。
历经十二年、辗转七省、跨越上万公里，影片《三大队》借队长程兵的形象传递了一个永不放弃的执着信念。当罪犯被识别并被控制以后，程兵在离开的时候给看守所民警敬了一个礼，掷地有声地说到：“三大队任务完成！”这是刻在骨子里的一份执念、一份责任、一份正义的呼唤和反聩！
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