将军家的剑术指南——柳生一族正值权势鼎盛之际，且与深受三代将军德川家光信任的老中松平伊豆守有姻亲关系。而觊觎伊豆守地位的若年寄稻叶美浓守之所以逼迫柳生家公开《柳生武艺帐》，皆因其中记载着柳生石舟斋当年奉德川家康之命调查谋逆者时，曾佯装加入叛党所签署的联名状。陷入困境的柳生但马守派遣十兵卫前往证人里见忠义的幽居地宇都宫，却迟来一步——忠义已遭神秘人杀害。当十兵卫怀揣疑云疾驰回江户时，遭到美浓守指使的霞多三郎、千四郎兄弟，以及矢志复仇的山田浮月斋追杀。十兵卫以"影武者之术"脱身后，又遭遇长枪法藏院胤舜、剑豪长野无乐斋、棍棒高手梦想权之助的截杀，正是这三人杀害了忠义。此时江户城内，千四郎盗走的《武艺帐》下卷已落入美浓守之手，柳生家面临问罪危机。十兵卫在家光面前立誓要查明卷中血手印之谜，终获缓刑。然而神秘刺客仍不断袭击十兵卫——这实为血手印主人惧怕往事败露所为。当十兵卫追踪权之助闯入某处宅邸时，惊觉竟是独眼龙伊达政宗的别院。潜入政宗房间的十兵卫恳请其证明石舟斋清白，反被政宗视为良机派出杀手。晨雾弥漫的户冢原野上，十兵卫与权之助展开死斗。胜负分晓之际，政宗现身，随后更迎来率领伊豆守、但马守、美浓守的家光将军。领悟十兵卫真意的家光面露欣慰，与面如土色的美浓守形成鲜明对比。
如果说，柳生武艺帐之独眼忍者，是故事结构最完整，情节最有流畅，战斗力最强的优秀出品，那么这部独眼士兵卫，单打独斗的场面是最多的内容。唯一不妥的地方，是柳生门下，士兵卫的师兄弟做他的替身时候的惨死，显得交代太过简单。有点像邵氏武侠《金臂童》中的不少情节类似，很多本身戏分应该很足的内容，由于时间问题，早早收场“死掉”。当然，那时候，有没版权，并不影响中美日三方电影的互相“借鉴”，所以，我们在很多邵氏电影中，很容易能发现，各种借鉴的地方，也因为这种借鉴，都是观众喜好，或者可以接受的缘故吧。
此部电影，有几处不合情理的地方，几部电影中扮演柳生士兵卫父亲的柳生但马守宗矩的演员：北龙二在这部电影中改做了松平伊豆守，让人觉得很别扭，有时候，电影真的只能单独看，不能连着看，否则很多穿帮的地方。而将军在最后，居然和龙伊达政宗 都没打过照面，就轻易相信柳生士兵卫的解释，着实让人迷惑，这点导演的功力，就欠缺很多，再看看这两部电影的导演，就明白了。
柳生武艺帐 独眼忍者 导演: 松村昌治 柳生武艺帐 独眼士兵卫 导演: 内出好吉
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