...不治已病治未病 不治已亂治未亂
崇祯15年（公元1642年），明朝風雨飄搖。外有女真叩關，内有流民造反，開封告急，朝廷重新啟用孫傳庭，希望其能力挽狂瀾，拯救命懸一線的大明王朝。
......來到潼關的孫傳庭殺伐決斷，處決了胡作非為的賀人龍，加強軍備，擇機出關與李自成決戰。
但多疑急躁的崇祯懷疑孫傳庭畏戰不出，多次催促，而孫傳庭并非貪身怕死，隻是他遇到了棘手的問題：瘟疫。
明末的瘟疫就是鼠疫，鼠疫傳染性強死亡率高，片中的描寫真實反映了當時的現狀。
...正在經曆小冰川的明朝，旱災瘟疫席卷中原一帶，十室九空。官員腐敗，土地兼并，百姓流離失所，成為流民铤而走險，頻繁的戰亂更加劇了明朝的崩潰。
而此時江湖郎中吳又可投奔到他老師門下，幫助老師在孫傳庭軍中醫治瘟疫。
......由于吳又可沒有按照傳統《傷寒經》抓方，而遭到老師的訓斥。吳又可本來就不是個按常理出牌的人，因為不拘泥于經典特立獨行為太醫院所不容，才成了一個江湖郎中。
道不同不相為謀，吳又可離開老師準備回蘇州老家。
途中吳又可發現了瘟疫的傳播途徑，認為阻止人與人傳染的關鍵是隔離。
...不幸的是他的老師不幸染病去世，死不瞑目。
吳又可來到孫傳庭面前，闡明了自己對這場瘟疫的防治手段。孫傳庭焦頭爛額之際，同意全力支持他醫治瘟疫。
吳又可采用了隔離病患的方法，配以自創中藥“達原飲”，并對患病死亡的士兵火葬，終于控制住了軍中蔓延的疫病。
但孫傳庭為了免除後顧之憂，一夜之間将所有病患士兵全部殺死。吳又可頓時覺得心灰意冷，帶着老師的女兒連夜離開。
之後孫傳庭戰死在潼關，兩年後京城陷落，崇祯皇帝自缢于煤山。
吳又可回到蘇州老家，寫下《瘟疫論》，開創性的提出了病毒學說和病毒的傳播方式。
...《大明劫》是一部被遺忘的佳片，一曲哀婉的悲歌。
影片以大明即将覆亡為時代背景，對當時的社會現實深刻刻畫。影片所塑造的孫傳庭、吳又可等諸多形象立體生動。
其中影片有兩段孫傳庭同吳又可的對話，可謂是意味深長。
孫：就我粗通的醫道，大黃乃虎狼之藥，我看你給那些重症病人用量之大，這個中道理可否告知一二？
吳：重症用險藥，铤而走險方有生機。
孫：若有差錯，該如何？
吳：這世上什麼藥都有，就是沒有後悔藥，當斷則斷，錯過一線生機，就生死兩隔了。
孫：說的好，用藥如同用兵，需有膽有識。
是啊，國家危亡，人心渙散，當地豪強劣紳不但不想為國纾難反而都打着自己的小算盤。不但強占軍田，而且勾結軍人燒毀田冊。
殺了這幫豪強劣紳之後，孫傳庭不禁慨歎：
百姓饑餓，皆因無地可耕，得人心者得天下，人心是什麼，人心就是糧食，就是源源不斷的兵員。這就是李自成他可以輸個十回八回，而我孫傳庭連一回都輸不起。
吳又可并非不理解孫傳庭的所為是不得已為之，作為一軍統帥，壓力何嘗不大。但吳又可的戰場在治病不在用兵。吳又可治得了瘟疫，卻挽救不了積重難返的大明王朝，既然死亡已是不可避免，何須苟延殘喘。
孫傳庭何嘗不知道這個道理，但他為臣者别無選擇，隻有報效國家，馬革裹屍，哪怕這個王朝氣數已盡。
孫：又可兄，容我私問一句，你覺得大明朝氣數已盡了嗎？
吳：《皇帝内經》有雲：不治已病治未病，不治已亂治未亂，曆朝曆代都是始興終衰，其中道理，又可以為：皆是重馭世之術，輕經世之道。我朝積弊已久，非一味猛藥可以痊愈。
1644年，清軍入關，大明覆亡。
