EP01：
毒枭方面，amado和阿吉拉尔携手管理华雷斯，但是两者管理理念不同，阿曼多在监狱做了三个月牢，后者也无动于衷；并且当手握总统实权的汉克来找他们买地时，阿吉拉尔还不愿意，于是阿曼多将其击毙，自己当上了华雷斯的第一把手，并跟汉克签署了条约，期望北美自由贸易协议达成的时候，阿曼多能够获得最多的好处，使华雷斯变成毒贩交易中心最大的plaza。
DEA方面，第一季出现过的杰米与walter联手，通过walter的卧底工作发现了华雷斯毒贩在El Palso转运可卡因与储存现金的痕迹，这是DEA破案的一个重大线索。
支线剧情，维克多警官在华雷斯白天当警官收保护费，晚上当歹徒赚外快，他答应一个老太太寻找一个失踪的少女。

EP02：
毒枭方面：大事件是提华纳女当家艾迪娜的婚礼，借此也展示了各方割据的局面：“五月”伊斯梅尔赞巴达，一个独立户；提华纳的阿里兰诺家族，占据美国边境西安的完美优势，排第一；海湾集团与之共存，关系不好，盖罗中风后，侄子胡安继位，他们的货物在布朗斯维尔受阻；锡那罗亚在食物链最底层，他们只能依赖提华纳，过路费非常昂贵，他们的关系剑拔弩张，拉蒙还杀了锡那罗亚的Francisco。
DEA方面：walter和杰米被amado耍了，amado纠正了阿吉拉尔的错误领导，提前把上一集被发现的货物转运了。由于这次重大挫败，walter准备和情人共赴芝加哥。
女记者：作为观察者角度，目睹了拉蒙杀人，以及索图法官与他们家族的利益关系。

EP03：
毒枭：锡那罗亚对货物再次被提华纳截住，他们想是时候谈判或者进行战争了。在谈判关于索取沙漠边境失败后，锡那罗亚在本杰明40岁生日上展开突袭，杀了艾迪娜的丈夫，这场斗争也正式升级。与此同时，华雷斯的阿曼达有条不紊地策划，准备将他的走私活动变成“cell system”，各部分独立运作，做到这一点，需要有人帮他收拾旧搭档的烂摊子；同时他找到cali集团想要暂停运货，还想要减量，pacho最终答应了他暂停一个月运货。
DEA：walter去华雷斯找到了维克托，想要他当CI套取amado的信息，但这个人非常油嘴滑舌，暂时糊弄过去了。但是再三纠结之下，walter还是转去了chicago；但这个维克托却发现每晚都有少女死去，他产生了怀疑.......
本集过后，华雷斯稳步升级，把局势牢牢控制在手里；锡那罗亚和提华纳的战争将全面爆发，一切都如felix在狱中所预测，真可谓不出监狱便知天下三分啊（不是

EP04：
锡那罗亚准备避避风头，同时在寻求华雷斯和湾区的帮助，但是两方都没有答应他的帮助，而艾迪娜只想要chapo的人头。本集大事件是机场大混战，没有能杀死chapo，却杀死了很多平民，包括教会主教，闹得满城风雨。
amado这边，随着escobar死亡，amado跟卡利集团进行了会晤，准备进行一次集团重组，他们可以内部进行资金跟货物的流通，不会有任何利益纠纷。amado还在古巴遇到了情人，尽管无限温柔，但还是得回到华雷斯主持生意。他回来之后，与汉克先生继续会晤，详细讨论了生意，以及说服了汉克在这个时间点投资自己是正确的，让其他两个集团斗争，而自己可以猥琐发育。

EP05：
枢机主教之死将多年的腐败公之于众，民众想要答案，毒枭的暴力行径不能被容忍，于是政府向两个贩毒集团开战。为此，墨西哥联合情报部队将与DEA联合组织一个特遣队，由墨西哥方面的雷波洛将军指挥，目标是抓捕提华纳的毒枭。walter也因此暂缓回芝加哥，来到蒂华纳参与行动。
毒枭方面：蒂华纳集团计划向商界上流人士寻求帮助，而锡那罗亚准备从危地马拉跑路。此时特遣队和拜兹神父设套伏击本杰明，但未成功缉拿，本杰明不得不跑路，暂时把事务交给艾迪娜打理；与此同时，chapo在危地马拉被捕，锡那罗亚集团正在瓦解。

EP06：
进入1994年，墨西哥发生了起义反叛军，下一届总统候选人临时改变口风，大肆宣扬改革，而他之后遭到了革命党的暗杀，墨西哥正面临翻天覆地的变化。
支线剧情：记者调查汉克与贩毒集团的联系，而报社老板一席话：你知道什么是真相并不重要，重要的是你能证明什么。华雷斯的维克托警官发现了少女的尸体，但需要美国的帮助才能测DNA，才有机会破案。于是他选择在拉蒙的弟弟身边做卧底，帮DEA套取情报。
毒枭这边，趁两大集团濒临灭亡之际，amado一跃成为墨西哥乃至世界最大的毒贩子，但是卡利集团的认罪协议逼迫他不得不寻找新的货源。他又来到古巴找到北谷，并要求只能给华雷斯一家供货。有个小插曲，他又和之前的钢琴女缠绵悱恻，虽然两情相悦，但为了彼此的安全着想不得不放弃在一起，也正是这些细节让amado这个人物立体了起来。被逼到绝境的提华纳对华雷斯、锡那罗亚以及五月都采取了报复行动，其中雨人被击毙。
DEA方面，walter顺藤摸瓜找到了拉蒙的左膀右臂，一个富家子弟的所居之处，开始盯梢，终于发现了拉蒙和弗兰西斯科的踪迹。他们兵分两路，一边抓捕拉蒙一边抓捕弗兰西斯科。拉蒙和艾迪娜当然也不好惹，他们反将walter一军，设下陷阱伏击了特遣队成并且员。

EP07：
汉克袭击了提华纳之声的运送车，在战争中，真相往往是第一个牺牲品。
毒枭方面，五月打算与锡那罗亚合作进行反扑，偷偷利用提华纳的地盘运货，amado答应帮忙，并且要求他们把提华纳集团整死。但汉克并不认同amado的血腥暴力手段，并威胁他。古巴女打电话找到amado劝他改主意，amado却说我选择做这一行，但我不能选择结局，此时他心里发生了某种改变。
DEA方面，找到了alex和拉蒙左膀右臂的藏身之地，但只抓到了alex。虽然alex有美国国籍，但他们还是决定采取极端手段套取情报，这是们唯一的机会了。
维克托和杰米方面，虽然情报有所交换，但合作并不顺利。维克托继续开始独自调查工厂少女案件。

EP08：
片头闪回到amado和felix合作前，neto说他们俩都很胸怀大志，amado说他们都会成长，更强大，neto说“更强大”会害你蹲监狱，会害你丧命。amado对此反驳说，这是让全世界知道我曾存在的唯一途径，neto却说，谁在乎你是否存在过？别自恋了。
剧情回到1994年底，总统换任，比索贬值过半，但amado业务以美元结算，这也让他比以往更强大，但资金的流转比以往也更重要，汉克让amado保证货物供应问题。
锡那罗亚和五月的联盟持续成功，提华纳的地盘在不断减少。amado虽然从北谷运货，但是北谷想要杀掉pacho以绝后患，这让一直以来与pacho关系很好的amado为难了。
DEA方面，他们仍然没从alex这套出他哥哥的消息，最后walter真情吐露，用自己弟弟的例子感化了他，但为时已晚，他哥已经被阿里亚诺兄弟杀了，walter此刻只能昧着良心骗alex，以套取更多情报。
报社方面，原总统继任人的助理找到女记者提供了账单线索；维克托警官这边，他被裁员了，来到了拉蒙弟弟的夜总会当保安

EP09：
由于amado找不到合适的货源，并且与古巴女相爱的他想要金盆洗手，amado从汉克那偷钱，并且与汉克闹崩；在walter一行人即将逮捕本杰明之际，负责反墨西哥毒枭的最高指挥官雷波罗队长被查出受惠于amado，特别行动破产，amado濒临绝境，汉克与毒枭的联盟也随之瓦解，毒枭们似乎已经走到了穷途末日。
这一集，报社从选美小姐的汇款做文章，一直查到了雷波罗队长与amado的关系，可谓居功至伟；维克托警官还在做间谍，但是并没有找到谁是杀害那些少女的人，但显然这样卧底行动也会给他带来杀身之祸......

EP10：
雷波罗被抓，代表着美国禁毒战争的又一次全面失败，但墨西哥和美国现在全力抓捕amado，汉克暂时不在聚光灯底下，而报社发现汉克正在批量从银行销毁自己的罪证。
毒枭方面，amado四处逃窜，锡那罗亚和五月暂避锋芒，于是提华纳暂时又恢复了活力，拉蒙和艾迪娜找到了“五月”的踪迹，准备拿他开刀。
本集终于解密工厂少女被杀背后的故事，维克托终于找到了经常提供便车服务的男人，并一枪崩了他的脑袋。但他发现之前朋友叫他抛尸的地方，突然又发现了很多具女性尸体。他绝望了，他觉得自己一个人阻止不了所有人。最后，他还是被自己的兄弟杀死。
walter方面，他为了alex的豁免权东奔西走，但还是让alex跑了。walter找到他的时候，alex已经被残忍杀害，悬首示众了。同时，报社仍然在寻求曝光汉克和提华纳的机会，然而提华纳突袭了报社主编。
记者终于找到了walter，进行了访谈。walter告诉了她alex的事情，对她坦白了心声，表示做这一样有可能会迷失自我，有时候想要却得不到，只能放弃对其的渴望。

尾声：玛塔在智利的海边别墅等着永远不会回来的爱人，琴声悠扬，“天空之王”的飞机模型静静躺在钢琴上，倾诉着时光悠悠，我们却拿他无可奈何。