EP01：
毒枭方面，amado和阿吉拉爾攜手管理華雷斯，但是兩者管理理念不同，阿曼多在監獄做了三個月牢，後者也無動于衷；并且當手握總統實權的漢克來找他們買地時，阿吉拉爾還不願意，于是阿曼多将其擊斃，自己當上了華雷斯的第一把手，并跟漢克簽署了條約，期望北美自由貿易協議達成的時候，阿曼多能夠獲得最多的好處，使華雷斯變成毒販交易中心最大的plaza。
DEA方面，第一季出現過的傑米與walter聯手，通過walter的卧底工作發現了華雷斯毒販在El Palso轉運可卡因與儲存現金的痕迹，這是DEA破案的一個重大線索。
支線劇情，維克多警官在華雷斯白天當警官收保護費，晚上當歹徒賺外快，他答應一個老太太尋找一個失蹤的少女。

EP02：
毒枭方面：大事件是提華納女當家艾迪娜的婚禮，借此也展示了各方割據的局面：“五月”伊斯梅爾贊巴達，一個獨立戶；提華納的阿裡蘭諾家族，占據美國邊境西安的完美優勢，排第一；海灣集團與之共存，關系不好，蓋羅中風後，侄子胡安繼位，他們的貨物在布朗斯維爾受阻；錫那羅亞在食物鍊最底層，他們隻能依賴提華納，過路費非常昂貴，他們的關系劍拔弩張，拉蒙還殺了錫那羅亞的Francisco。
DEA方面：walter和傑米被amado耍了，amado糾正了阿吉拉爾的錯誤領導，提前把上一集被發現的貨物轉運了。由于這次重大挫敗，walter準備和情人共赴芝加哥。
女記者：作為觀察者角度，目睹了拉蒙殺人，以及索圖法官與他們家族的利益關系。

EP03：
毒枭：錫那羅亞對貨物再次被提華納截住，他們想是時候談判或者進行戰争了。在談判關于索取沙漠邊境失敗後，錫那羅亞在本傑明40歲生日上展開突襲，殺了艾迪娜的丈夫，這場鬥争也正式升級。與此同時，華雷斯的阿曼達有條不紊地策劃，準備将他的走私活動變成“cell system”，各部分獨立運作，做到這一點，需要有人幫他收拾舊搭檔的爛攤子；同時他找到cali集團想要暫停運貨，還想要減量，pacho最終答應了他暫停一個月運貨。
DEA：walter去華雷斯找到了維克托，想要他當CI套取amado的信息，但這個人非常油嘴滑舌，暫時糊弄過去了。但是再三糾結之下，walter還是轉去了chicago；但這個維克托卻發現每晚都有少女死去，他産生了懷疑.......
本集過後，華雷斯穩步升級，把局勢牢牢控制在手裡；錫那羅亞和提華納的戰争将全面爆發，一切都如felix在獄中所預測，真可謂不出監獄便知天下三分啊（不是

EP04：
錫那羅亞準備避避風頭，同時在尋求華雷斯和灣區的幫助，但是兩方都沒有答應他的幫助，而艾迪娜隻想要chapo的人頭。本集大事件是機場大混戰，沒有能殺死chapo，卻殺死了很多平民，包括教會主教，鬧得滿城風雨。
amado這邊，随着escobar死亡，amado跟卡利集團進行了會晤，準備進行一次集團重組，他們可以内部進行資金跟貨物的流通，不會有任何利益糾紛。amado還在古巴遇到了情人，盡管無限溫柔，但還是得回到華雷斯主持生意。他回來之後，與漢克先生繼續會晤，詳細讨論了生意，以及說服了漢克在這個時間點投資自己是正确的，讓其他兩個集團鬥争，而自己可以猥瑣發育。

EP05：
樞機主教之死将多年的腐敗公之于衆，民衆想要答案，毒枭的暴力行徑不能被容忍，于是政府向兩個販毒集團開戰。為此，墨西哥聯合情報部隊将與DEA聯合組織一個特遣隊，由墨西哥方面的雷波洛将軍指揮，目标是抓捕提華納的毒枭。walter也因此暫緩回芝加哥，來到蒂華納參與行動。
毒枭方面：蒂華納集團計劃向商界上流人士尋求幫助，而錫那羅亞準備從危地馬拉跑路。此時特遣隊和拜茲神父設套伏擊本傑明，但未成功緝拿，本傑明不得不跑路，暫時把事務交給艾迪娜打理；與此同時，chapo在危地馬拉被捕，錫那羅亞集團正在瓦解。

EP06：
進入1994年，墨西哥發生了起義反叛軍，下一屆總統候選人臨時改變口風，大肆宣揚改革，而他之後遭到了革命黨的暗殺，墨西哥正面臨翻天覆地的變化。
支線劇情：記者調查漢克與販毒集團的聯系，而報社老闆一席話：你知道什麼是真相并不重要，重要的是你能證明什麼。華雷斯的維克托警官發現了少女的屍體，但需要美國的幫助才能測DNA，才有機會破案。于是他選擇在拉蒙的弟弟身邊做卧底，幫DEA套取情報。
毒枭這邊，趁兩大集團瀕臨滅亡之際，amado一躍成為墨西哥乃至世界最大的毒販子，但是卡利集團的認罪協議逼迫他不得不尋找新的貨源。他又來到古巴找到北谷，并要求隻能給華雷斯一家供貨。有個小插曲，他又和之前的鋼琴女纏綿悱恻，雖然兩情相悅，但為了彼此的安全着想不得不放棄在一起，也正是這些細節讓amado這個人物立體了起來。被逼到絕境的提華納對華雷斯、錫那羅亞以及五月都采取了報複行動，其中雨人被擊斃。
DEA方面，walter順藤摸瓜找到了拉蒙的左膀右臂，一個富家子弟的所居之處，開始盯梢，終于發現了拉蒙和弗蘭西斯科的蹤迹。他們兵分兩路，一邊抓捕拉蒙一邊抓捕弗蘭西斯科。拉蒙和艾迪娜當然也不好惹，他們反将walter一軍，設下陷阱伏擊了特遣隊成并且員。

EP07：
漢克襲擊了提華納之聲的運送車，在戰争中，真相往往是第一個犧牲品。
毒枭方面，五月打算與錫那羅亞合作進行反撲，偷偷利用提華納的地盤運貨，amado答應幫忙，并且要求他們把提華納集團整死。但漢克并不認同amado的血腥暴力手段，并威脅他。古巴女打電話找到amado勸他改主意，amado卻說我選擇做這一行，但我不能選擇結局，此時他心裡發生了某種改變。
DEA方面，找到了alex和拉蒙左膀右臂的藏身之地，但隻抓到了alex。雖然alex有美國國籍，但他們還是決定采取極端手段套取情報，這是們唯一的機會了。
維克托和傑米方面，雖然情報有所交換，但合作并不順利。維克托繼續開始獨自調查工廠少女案件。

EP08：
片頭閃回到amado和felix合作前，neto說他們倆都很胸懷大志，amado說他們都會成長，更強大，neto說“更強大”會害你蹲監獄，會害你喪命。amado對此反駁說，這是讓全世界知道我曾存在的唯一途徑，neto卻說，誰在乎你是否存在過？别自戀了。
劇情回到1994年底，總統換任，比索貶值過半，但amado業務以美元結算，這也讓他比以往更強大，但資金的流轉比以往也更重要，漢克讓amado保證貨物供應問題。
錫那羅亞和五月的聯盟持續成功，提華納的地盤在不斷減少。amado雖然從北谷運貨，但是北谷想要殺掉pacho以絕後患，這讓一直以來與pacho關系很好的amado為難了。
DEA方面，他們仍然沒從alex這套出他哥哥的消息，最後walter真情吐露，用自己弟弟的例子感化了他，但為時已晚，他哥已經被阿裡亞諾兄弟殺了，walter此刻隻能昧着良心騙alex，以套取更多情報。
報社方面，原總統繼任人的助理找到女記者提供了賬單線索；維克托警官這邊，他被裁員了，來到了拉蒙弟弟的夜總會當保安

EP09：
由于amado找不到合适的貨源，并且與古巴女相愛的他想要金盆洗手，amado從漢克那偷錢，并且與漢克鬧崩；在walter一行人即将逮捕本傑明之際，負責反墨西哥毒枭的最高指揮官雷波羅隊長被查出受惠于amado，特别行動破産，amado瀕臨絕境，漢克與毒枭的聯盟也随之瓦解，毒枭們似乎已經走到了窮途末日。
這一集，報社從選美小姐的彙款做文章，一直查到了雷波羅隊長與amado的關系，可謂居功至偉；維克托警官還在做間諜，但是并沒有找到誰是殺害那些少女的人，但顯然這樣卧底行動也會給他帶來殺身之禍......

EP10：
雷波羅被抓，代表着美國禁毒戰争的又一次全面失敗，但墨西哥和美國現在全力抓捕amado，漢克暫時不在聚光燈底下，而報社發現漢克正在批量從銀行銷毀自己的罪證。
毒枭方面，amado四處逃竄，錫那羅亞和五月暫避鋒芒，于是提華納暫時又恢複了活力，拉蒙和艾迪娜找到了“五月”的蹤迹，準備拿他開刀。
本集終于解密工廠少女被殺背後的故事，維克托終于找到了經常提供便車服務的男人，并一槍崩了他的腦袋。但他發現之前朋友叫他抛屍的地方，突然又發現了很多具女性屍體。他絕望了，他覺得自己一個人阻止不了所有人。最後，他還是被自己的兄弟殺死。
walter方面，他為了alex的豁免權東奔西走，但還是讓alex跑了。walter找到他的時候，alex已經被殘忍殺害，懸首示衆了。同時，報社仍然在尋求曝光漢克和提華納的機會，然而提華納突襲了報社主編。
記者終于找到了walter，進行了訪談。walter告訴了她alex的事情，對她坦白了心聲，表示做這一樣有可能會迷失自我，有時候想要卻得不到，隻能放棄對其的渴望。

尾聲：瑪塔在智利的海邊别墅等着永遠不會回來的愛人，琴聲悠揚，“天空之王”的飛機模型靜靜躺在鋼琴上，傾訴着時光悠悠，我們卻拿他無可奈何。