在偵破一樁極其慘無人道的奸殺案的過程中，得知師傅在追捕過程中被逃犯撞了一下而引發心梗去世的消息，三大隊警察憤怒失手打死了剛被緝拿的另一罪犯同夥，整個大隊成員因惡劣執法刑訊逼供的罪名全部锒铛入獄。
而在他們服刑的幾年中，案件仍未結案、逝者無法安息，罪犯逍遙法外。
随着刑期長短陸續出獄，各自找了一些營生維持生計，最後隊長程兵出獄，原組人馬重新集結，誓将罪犯繩之以法。他們以普通人的身份查案緝兇，雖然憑着過硬的業務技能也屢有斬獲，但依然困難重重，成員因此也紛紛中途掉隊。
...但即使隻有自己一個人，程兵也誓将罪犯伏法。
曆經十二年、輾轉七省、跨越上萬公裡，影片《三大隊》借隊長程兵的形象傳遞了一個永不放棄的執着信念。當罪犯被識别并被控制以後，程兵在離開的時候給看守所民警敬了一個禮，擲地有聲地說到：“三大隊任務完成！”這是刻在骨子裡的一份執念、一份責任、一份正義的呼喚和反聩！
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