宫崎骏擅长的还是简单的寓言故事，而寓言的性质则意味着他不需要过多地去解释背景与角色的设定理由，就像伊索和拉封丹也从不会去讨论他们笔下的动物与人为何可以随意对话一样。
可一旦超出了纯粹寓言的边界，转而给现实世界分配较大的权重，那么寓言本身就不得不开始为现实世界服务了，否则根本目的就无法达成，即让两个世界互相隐喻。这要求你精心构思寓言事物和现实事物之间的对照关系，巧妙地通过某种逻辑、某种法则或者是某种设定将它们合情合理地串联在一起。
很明显，宫崎骏是第一次处理这样的故事，所以他仍然沿袭了过往不交待缘由就开始自由堆设定的作风。仅仅是讲一讲塔的来源和舅公的经历根本无法支撑他缔造的复杂塔中世界，就像你不能用A恨B所以A杀了B这样一句简单的描述来概括一桩凶杀案一样。对影片的寓意抱有极大野心，但又无法收束自己灌输到影片里的寓意，是本片最大的问题。
你在看红猪或者千与千寻时完全不会去琢磨猪会开飞机或者蛤蟆在旅馆里干活意味着什么，因为它们所处的世界即是电影规划的整个世界，如同千与千寻的神隐设定一样，这些世界和一个"平常的世界"几乎不存在什么真正的联系。
但本片就不一样了，从设定上就能得知两个世界息息相关，而且现实世界占据了很大篇幅，不断闪回，这个时候观众就不得不开始思考真人在塔中世界的遭遇意味着什么，外面的人进到塔里后的形象又意味着什么，可这些宫崎骏一概不会做过多的注解，或是进行别有深意的暗示，各种各样的设定就像过往一样走马观花地溜过去了。寓意只停留一刻，不会进行反复、强调与更多的延绵发展，事物处于一种保持现状的静止状态，你由此看到的便不再是什么通常意义上的故事，而是一本费解的词典或者是课本，只不过外在形式更加喜闻乐见。由此，他想再贩卖一遍童年记忆和某些故弄玄虚的思考，却采用了一种自己根本不擅长的说教结构来安排整个叙事，自然就整成烂活了。
宫崎骏有没有意识到这种处理不好的巨大的断裂?那当然是有的，所以他在影片后半段做了很多补救，但这些补救十分苍白，包括但不限于安插谜语人式的角色独白(舅公和鹦鹉的批话)，或者是高大上但又过于匆忙的临别对白，整个故事的自然和自由气息也就被这样轻易地破坏了，让观众觉得既看不懂又不和谐。
不过即使懂点日本军部争权的历史，看明白了他的寓意也不会有什么太大感触和收获，毕竟优秀的历史教育铺天盖地，真想去获取教益也不会过来看动画片了，把立意和格局作为卖点却连自己最擅长的造梦技艺都发挥不好、莫名搞出来一道本不属于自己领域的门槛，那属实是该反思反思了。