剧中的逻辑问题俯拾皆是。比如，在商业竞争的关键情节里，女主何惟芳的芳园面临竞争对手恶意打压，对方买通官府，以莫须有的罪名查封园子。但女主解决危机的方式太过草率，仅凭一封匿名举报信指出对手违法经营，毫无确凿证据，官府就立刻撤销对芳园的查封，转而惩治对手 ，古代官府办案仿佛儿戏，毫无严谨性可言。再如，男主蒋长扬身为花鸟使，在调查宁王谋反线索时，多次在危险处境下全身而退的理由牵强，一次是在宁王府中被发现行踪，本应陷入绝境，却因宁王突然有事离开，轻松逃脱，这种巧合救场的桥段滥用，让剧情充满不合理性。
剧情节奏堪称灾难。在女主创办平价医药馆“悟庸堂”的情节中，本应是展现其成长和济世情怀的高光部分，却花费大量篇幅描述选址时和邻里的小摩擦、招募郎中时的琐碎流程，足足用了三集才正式开业，拖沓冗长。还有男女主的感情线，从相识到相恋，各种误会、冷战、和解反复上演，毫无新意，整整五集都在围绕这些情感纠葛打转，主线剧情停滞不前，让观众看得昏昏欲睡。同时，支线剧情喧宾夺主，一些配角的故事占用过多时长，像女二和其青梅竹马的情感纠缠，与主线关联不大，却频繁出现，严重影响了剧情的连贯性和紧凑感。