宮崎駿擅長的還是簡單的寓言故事，而寓言的性質則意味着他不需要過多地去解釋背景與角色的設定理由，就像伊索和拉封丹也從不會去讨論他們筆下的動物與人為何可以随意對話一樣。
可一旦超出了純粹寓言的邊界，轉而給現實世界分配較大的權重，那麼寓言本身就不得不開始為現實世界服務了，否則根本目的就無法達成，即讓兩個世界互相隐喻。這要求你精心構思寓言事物和現實事物之間的對照關系，巧妙地通過某種邏輯、某種法則或者是某種設定将它們合情合理地串聯在一起。
很明顯，宮崎駿是第一次處理這樣的故事，所以他仍然沿襲了過往不交待緣由就開始自由堆設定的作風。僅僅是講一講塔的來源和舅公的經曆根本無法支撐他締造的複雜塔中世界，就像你不能用A恨B所以A殺了B這樣一句簡單的描述來概括一樁兇殺案一樣。對影片的寓意抱有極大野心，但又無法收束自己灌輸到影片裡的寓意，是本片最大的問題。
你在看紅豬或者千與千尋時完全不會去琢磨豬會開飛機或者蛤蟆在旅館裡幹活意味着什麼，因為它們所處的世界即是電影規劃的整個世界，如同千與千尋的神隐設定一樣，這些世界和一個"平常的世界"幾乎不存在什麼真正的聯系。
但本片就不一樣了，從設定上就能得知兩個世界息息相關，而且現實世界占據了很大篇幅，不斷閃回，這個時候觀衆就不得不開始思考真人在塔中世界的遭遇意味着什麼，外面的人進到塔裡後的形象又意味着什麼，可這些宮崎駿一概不會做過多的注解，或是進行别有深意的暗示，各種各樣的設定就像過往一樣走馬觀花地溜過去了。寓意隻停留一刻，不會進行反複、強調與更多的延綿發展，事物處于一種保持現狀的靜止狀态，你由此看到的便不再是什麼通常意義上的故事，而是一本費解的詞典或者是課本，隻不過外在形式更加喜聞樂見。由此，他想再販賣一遍童年記憶和某些故弄玄虛的思考，卻采用了一種自己根本不擅長的說教結構來安排整個叙事，自然就整成爛活了。
宮崎駿有沒有意識到這種處理不好的巨大的斷裂?那當然是有的，所以他在影片後半段做了很多補救，但這些補救十分蒼白，包括但不限于安插謎語人式的角色獨白(舅公和鹦鹉的批話)，或者是高大上但又過于匆忙的臨别對白，整個故事的自然和自由氣息也就被這樣輕易地破壞了，讓觀衆覺得既看不懂又不和諧。
不過即使懂點日本軍部争權的曆史，看明白了他的寓意也不會有什麼太大感觸和收獲，畢竟優秀的曆史教育鋪天蓋地，真想去獲取教益也不會過來看動畫片了，把立意和格局作為賣點卻連自己最擅長的造夢技藝都發揮不好、莫名搞出來一道本不屬于自己領域的門檻，那屬實是該反思反思了。