第二部的是无间道前传，陈永仁和刘建明刚刚开始各自的卧底事业，尚未成为故事的主角，两人之间还没有开始正式的交锋。这个阶段的主线是警方联合韩琛与黑社会大佬倪永孝之间的对决。如果把第一部的称为悬疑片，本片则更像一部伦理片。全片表达的都是一个伦理困境，何为善恶？如何抉择？
倪永孝是本片绝对主角，导演用两段对他进行精准刻画：一是父亲倪坤被杀当天，你家手下四位大佬准备背叛，倪永孝强忍悲痛冷静应对，反手间摆平四人，力挽狂澜于既倒；二世父亲四周年祭日，他运筹帷幄、调虎离山，成功向所有仇人复仇，警方在这次较量中一败涂地，黄志诚被扳倒，陆警司被炸死，卧底罗继贤被清除。在整个过程中，吴镇宇将阿孝的算无遗策，冷静淡定，心狠手辣演绎得淋漓精致，气场崩出银幕。这样一个大反派，在对待家人却处处体现出担当与柔情，最后也因为亲情被韩琛抓住弱点而败亡。临终之际，阿孝发现弟弟是警察卧底，虽震惊不已，却用最后一口气将信号发射器塞回弟弟怀里，帮他掩盖身份以保护他免遭黑帮报复。
黄志诚身为高级警务人员，为了铲除黑社会，教唆Mary姐杀倪坤，又亲手击毙陈永仁的哥哥倪永孝，究竟谁更无情。法与情哪个大？程序合法和社会正义哪个重要？
韩琛与Mary姐一对反派夫妻，干起犯罪勾搭狠辣果决，但两人的相爱却是本片中最纯净的感情，没有参杂一丝算计和利用，为了对方，死而无憾。
倪永孝说“出来混，总要还的”，这句话道出伦理困境的无奈，你不能既要又要，你既然得到了某些东西，总得还回去一些什么。
