劇中的邏輯問題俯拾皆是。比如，在商業競争的關鍵情節裡，女主何惟芳的芳園面臨競争對手惡意打壓，對方買通官府，以莫須有的罪名查封園子。但女主解決危機的方式太過草率，僅憑一封匿名舉報信指出對手違法經營，毫無确鑿證據，官府就立刻撤銷對芳園的查封，轉而懲治對手 ，古代官府辦案仿佛兒戲，毫無嚴謹性可言。再如，男主蔣長揚身為花鳥使，在調查甯王謀反線索時，多次在危險處境下全身而退的理由牽強，一次是在甯王府中被發現行蹤，本應陷入絕境，卻因甯王突然有事離開，輕松逃脫，這種巧合救場的橋段濫用，讓劇情充滿不合理性。
劇情節奏堪稱災難。在女主創辦平價醫藥館“悟庸堂”的情節中，本應是展現其成長和濟世情懷的高光部分，卻花費大量篇幅描述選址時和鄰裡的小摩擦、招募郎中時的瑣碎流程，足足用了三集才正式開業，拖沓冗長。還有男女主的感情線，從相識到相戀，各種誤會、冷戰、和解反複上演，毫無新意，整整五集都在圍繞這些情感糾葛打轉，主線劇情停滞不前，讓觀衆看得昏昏欲睡。同時，支線劇情喧賓奪主，一些配角的故事占用過多時長，像女二和其青梅竹馬的情感糾纏，與主線關聯不大，卻頻繁出現，嚴重影響了劇情的連貫性和緊湊感。