第二部的是無間道前傳，陳永仁和劉建明剛剛開始各自的卧底事業，尚未成為故事的主角，兩人之間還沒有開始正式的交鋒。這個階段的主線是警方聯合韓琛與黑社會大佬倪永孝之間的對決。如果把第一部的稱為懸疑片，本片則更像一部倫理片。全片表達的都是一個倫理困境，何為善惡？如何抉擇？
倪永孝是本片絕對主角，導演用兩段對他進行精準刻畫：一是父親倪坤被殺當天，你家手下四位大佬準備背叛，倪永孝強忍悲痛冷靜應對，反手間擺平四人，力挽狂瀾于既倒；二世父親四周年祭日，他運籌帷幄、調虎離山，成功向所有仇人複仇，警方在這次較量中一敗塗地，黃志誠被扳倒，陸警司被炸死，卧底羅繼賢被清除。在整個過程中，吳鎮宇将阿孝的算無遺策，冷靜淡定，心狠手辣演繹得淋漓精緻，氣場崩出銀幕。這樣一個大反派，在對待家人卻處處體現出擔當與柔情，最後也因為親情被韓琛抓住弱點而敗亡。臨終之際，阿孝發現弟弟是警察卧底，雖震驚不已，卻用最後一口氣将信号發射器塞回弟弟懷裡，幫他掩蓋身份以保護他免遭黑幫報複。
黃志誠身為高級警務人員，為了鏟除黑社會，教唆Mary姐殺倪坤，又親手擊斃陳永仁的哥哥倪永孝，究竟誰更無情。法與情哪個大？程序合法和社會正義哪個重要？
韓琛與Mary姐一對反派夫妻，幹起犯罪勾搭狠辣果決，但兩人的相愛卻是本片中最純淨的感情，沒有參雜一絲算計和利用，為了對方，死而無憾。
倪永孝說“出來混，總要還的”，這句話道出倫理困境的無奈，你不能既要又要，你既然得到了某些東西，總得還回去一些什麼。
