《秘密森林2》的开篇是一起溺亡案：三个大学生自驾到统营海边玩，其中两个酒后在海里溺亡。大雾，夜晚，海边，没有摄像头，没有目击证人，只有能冲刷证据的海水。
解开谜题的突破点是：案发当时谁在案发现场？
首先是同行的另一个大学生（暂时先不排除嫌疑，没有确切的不在场证明，结合之后的剧情中提到校园霸凌，猜测会有相关性）
嗅觉灵敏的韩汝珍通过社交媒体找到了第二组嫌疑人——某财阀二代和女朋友，财阀二代却在深入调查之前轻轻松松利用“前官礼遇”成功脱身，案件匆匆完结。（前官礼遇是指前公职人员辞职转行做律师，可以享受同在职时一样的待遇）
判定财阀二代无嫌疑的是检方，检方的调查权远远大于警方，两方对于调查权的争夺正式开场。
故事线的转变
警检两方斗争的主要方式是互挖对方黑料，一些黑料适时公布给媒体，打舆论战，而另一些握在手里，成为谈判的筹码，谈判桌的两端是检方的法治团和警方的革新团，检察官黄始木和警监韩汝珍分别处于这两个对立阵营中。
统营溺亡案成为警检斗争这条主线上的第一个分支案件，斗争继续进行，其他分支案件也重新浮出水面：警察自杀案和检察长酒后猝死案。
检察官徐东宰失踪，把这三个已完结旧案的线头一点点牵出，四个案件串联，交织向前，开始正式的调查。
旧案有疑点，必然是警方或检方掩盖真相的结果，那谁最不想继续调查？而分别处于这两个阵营中的黄始木和韩汝珍，不得不做出选择，是维护所处阵营的利益还是继续寻找真相？
至此，故事线势必会从警方和检方的斗争，走向以黄始木韩汝珍为代表的一小撮正义个体与试图掩盖真相的警检高层及财阀的斗争。
韩汝珍是本厅行政警察中，唯一一个不享受清闲的行政工作随时准备冲向犯罪现场的例外。
而黄始木，是检察系统俯首称臣的人中唯一站得笔直的例外。
他们和所处的群体格格不入，立场虽相对，信念却一致。韩汝珍擅长现场搜证，对证据细节嗅觉灵敏；黄始木擅长推理演绎，逻辑严密，俩人合力，成为故事向前最强的牵引。
转折的契机
黄始木被禹部长指派“查出警方威胁议员筹码”的任务，禹部长告诉他的解决方式是利用和韩汝珍相熟的关系打听出答案，而黄始木的解决方式是靠自己去寻找答案，人情社会的规则，在他这里作废。
事情发生过，必然会留下痕迹。
黄始木观察细致，以一个细节（信封上的警察局名称）为切入点，从网上搜索该警察局辖内的所有案件（筛选条件：警方可以掩盖没有被检方发现）——到水原地检查找这些案件的所有资料——筛选出可能被议员干预的案件——根据是否能对议员构成威胁确定最终结果
黄始木找韩汝珍求证结果，求证的目的其实不是求证，而是拿已知的答案，传递他要开始寻找真相的信息，韩汝珍听懂了他的决心，也确认了自己的本心，冲破迷雾的游戏正式开始。
徐东宰失踪案
证据梳理：
通话记录 所涉人员：检方法治团禹部长、韩乔集团、京畿地方检察厅网页浏览记录所涉人员：警方革新团崔光在查案件清单 所涉案件：校园暴力案、警察自杀案、检察长猝死案、溺亡案消费记录 所涉人员：女检察官郑敏夏（有和女检察官一起吃饭的监控视频，但是她隐瞒了）
嫌疑人及动机：
警察自杀案相关人员：金守航、舅舅、白组长。金守航和舅舅有不在场证明，白组长动机：试图掩盖收贿以及背后靠山统营溺亡案相关人员：幸存的大学生 动机未知徐东宰妻子：妻子和徐东宰分居，在被黄始木问到是不是有外遇的时候，妻子生气地说“怎么不问问他都做了什么？”财阀：不明原因的电话，会长秘书撒谎检察长猝死案：崔光或禹部长动机：检察长猝死与他俩有关女检察官：动机未知失踪前见面的少年犯：动机未知
徐东宰失踪，他在失踪前的行踪成为调查的关键，而他的行踪牵出了曾经被掩盖草草结案的真相，被掩盖才得以重新被调查。第一季李昌俊的遗书中说：“能复原被摧毁的系统的，是人血。“
真相的代价，是个体的付出，个体在黑暗的迷雾森林中，只是微弱的光，不过再微弱的光，在迷雾里也能被清楚看到。
