据说，传说中的欧亚大陆，有一座天空之城，那里拥有无尽的宝藏以及超越地球文明几千年的科技 ，这座建立在云端上的架空帝国，拥有令人羡慕的飞行技术，可以不用任何能源自由自在的在天空翱翔。但这令多少人穷尽此生想要达到的梦想 ，却不知在曾几何时变成了废墟 。
文明破灭之后，天空之城“拉普达”继续漂浮在天空中，靠的是岛上非常高明的飞行石技术，而这一切的命运之子，天空之城的女王 “希达”，却浑然不知。
胸前的飞行石，散发出耀眼的光芒 ，少女希达，从空中缓缓落下，落入了少年巴鲁的怀抱中。
第二天，希达在巴鲁的房间里醒来，发现房里有一张天空之城拉普达的照片，据巴鲁说，这个照片是他父亲费劲千辛万苦才找的，可除了他之外，没有人相信。他的父亲在郁郁寡欢中去世了，巴鲁发誓一定要向他人证实，世上真的有天空之城的存在。与此同时，天空之城也引发了少女的美好向往 ，二人不谋而合。
海盗对财富的嗅觉总是灵敏的，以朵拉为首的空中海盗团找上门来，在两人逃跑的过程中，却不幸的遇到了军方 。在两伙势力的夹缝中 ，最终还是落入了军方的手中。
军方少校穆斯卡，以巴鲁威胁希达，希达为了心中所爱之人 ，故作冷漠的赶走了巴鲁。
巴鲁垂头丧气的回到家中，却发现家已被海盗占领。 在海盗头子朵拉的解读下 ，巴鲁感受到了自己的幼稚与无知 ，他决定与海盗合作，共同救出希达 。
希达被军队抓去后 ，慕斯卡带她看一个来自天空之城机器人。
孤独无助的希达，静静的看着窗外，想起了奶奶教给他的咒语，她自顾自的念着咒语，突然，一束青绿色的光芒 ，从胸前的飞行石中散发而出 。机器人被这光芒幻醒，复活了 。机器人想要保护希达，但希达却一直害怕的躲避。在这追逐的过程中，整个要塞也随着机器人的破坏变成了火海。
可惜的是，即使机器人并无恶意，却因不会表达，最终还是葬于慕斯卡的炮击之下 。
巴鲁趁乱和海盗前往要塞救出了希达，同时二人留在了海盗船上 。
夜晚降临，在巴鲁值班过程中，希达小公主爬上屋顶，和他一起取暖，互诉心意。可好景不长 ，整理要塞的慕斯卡偶然发现飞行石 ，飞行石散发出耀眼的光芒，指向遥远的天空之城。
在那样一座城，唯一的机载只有一座安安静静的坟墓 ，千百年来，多少苔藓爬满了墓碑，爬满的是多少多事的春秋 ，留下的只有安详 。
而随着军方海盗的登陆 ，这片祥和便消失不见了。
野心勃勃的穆斯卡得到飞行石后带领军队乘坐舰艇向天空驰骋，他妄想获取天空之城的科技力量，然后称霸世界。
到达拉普达后，无知的军方贪婪的抢夺宝藏。而早已精心策划的穆斯卡，却带领着几个随从和“拉普达的女王”希达，前往科技核心。
希达为了拯救天空之城，阻止穆斯卡的野心 ，想要丢弃那条项链 ，但终究力量抵不过穆斯卡，心愿无法完成。
绝望之际，只能在巴鲁的陪伴下，念起毁灭的咒语 ，想和穆斯卡同归于尽，让这个天空之城不复存在 。
天空之城，不断的向空中更遥远处飞行，伴随着不间断的凋零～
很多事情都是命中注定的，就好像你会遇到什么人，经历什么样的伤痛，最终如何离开这个世界，没什么能改变命运 。
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