《蘇州河》以牡丹和馬達的愛情故事為主線，以“我”和美美的愛情為副線，兩線穿插叙述，纏繞出一部凄美而又格外現實的愛情“童話”。
牡丹和美美長得一張相似的臉，卻有着截然相反的性格。牡丹因為原生家庭的醜惡而變得孤單又敏感，過分缺乏被愛的她将自己全部的熱情都寄托在馬達的身上，她愛的轟轟烈烈，以緻在被騙後，經受不住打擊，為愛投河自盡。美美卻顯得世俗很多，她的職業與她的經曆使她不願意去相信愛情，與“我”
僅見面幾次，便确立了戀愛關系。兩個人都心照不宣的将這段愛情以“性”的方式走下去，而不去過多的談責任與婚姻。
作為影片的兩位男主角，馬達和“我”的性格特點也完全不相似。馬達對牡丹的愛是循序漸進，點滴累積的。直到牡丹跳進蘇州河的那一刻，他心中的愛情火花才真正的爆發。出獄後他帶着自己滿腔無人言說的愛意與愧疚堅持尋找牡丹，他知道牡丹還活着，還在等待着他的道歉和他的告白。他的定位是癡情的，負責的。而“我”和美美沒有任何的感情基礎，隻因為眼緣合适便草率的在一起并開始同居生活。從“我”說的一句：“我們是現在分手，還是做愛之後分手”更能看出“我”和美美的感情不堪一擊。“我”的定位是無情的，現實的。
不同的愛情故事卻有着同樣的悲劇結局。馬達最後還是與牡丹重逢了，他們喝着走私酒，騎着摩托車，最終跌入蘇州河中死亡。其實，死亡對他們兩人來說又何嘗不是最好的結局呢。即使兩個人再怎麼和好如初，“馬達騙了牡丹”這道傷痕在兩人中間還是會如毒蛇般撕咬着兩人的胸膛。所以，死亡對他們來說是必然的結局。隻有死亡才會将一切消磨幹淨，也隻有死亡才是愛情的最純潔狀态。美美在聽說了馬達和牡丹的死訊後，說：“這種愛情故事隻有童話中才有”。她還是不願相信這麼美好的愛情，同時她又十分羨慕這份愛情，也想努力去追尋屬于自己的美好愛情，所以她選擇了離開，等待着“我”去找她。“我”卻選擇了“甯願一個人閉上眼睛，等待下一次的愛情”。
蘇州河如往常一樣靜靜的流淌，沒有人會記得馬達與牡丹的愛情，更沒人會注意到“我”和美美的絕情。所有的愛和恨都在蘇州河污濁的泥濘裡顯得渺小與世俗。
