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《非自然死亡》以UDI，一家非自然死亡研究所為背景，講述了在日本人數僅有170人的法醫解剖者的故事。這部電視劇每集通過一個死亡事件，在說明法醫學對法治社會的重要性之外，還會揭露一個社會熱點問題，比如在現在社會輿論暴力，校園暴力，邊緣群體的生存狀态等等。
似乎每一集都能拉出來作為一個短劇，但把這一系列串起來讓這部《非自然死亡》成為一個整體的正是法醫中堂戀人的事件。
八年前法醫中堂的戀人夕希子被殺害後棄屍，屍體被警察送到了醫科大學進行司法解剖。而當時當值的正是中堂。
中堂一言不發的解剖了自己戀人的屍體，在戀人屍體的口腔内發現了金魚的印記。可警察卻以中堂是最大嫌疑人為由并不采納解剖證據。
中堂在之後來到了UDI，想要在這個全國解剖數量最多的研究所找到和自己戀人同樣特征的屍體。當年的案件沒有找到兇手而不了了之，而中堂堅信兇手是連環殺人犯，一定還會再犯案。這麼多年，他一直苦苦尋找，想要找出當年戀人被殺的真相。
而在《非自然死亡》每集的最後都會有一條似是而非的線索，一點點推進事件的走向，讓觀衆始終懸着一顆心，迫切的想要知道當年中堂的戀人到底發生了什麼。
而這一切終于在最後的兩集全面展開了。
在上一集火災現場旁邊的空屋内，發現了一具被藏在行李箱内的女性屍體。來到現場解剖的三澄美琴在屍體口腔内發現了紅色的金魚。
時隔八年後，紅色的金魚第一次正式進入了警察的視線。當時因為這八年間曾經出現過的兩次金魚印記，都是中堂通過殡儀館私自找到的，警察并不能當做證據。所以即使發現了紅色的金魚，依然是作為單獨的殺人案來偵查，并不以連環殺人作案來考慮。
中堂眼見靠近真相卻又怎麼都揭不開最後的一層迷紗，不僅焦灼起來。他一次次的去往案發現場，想要找到更多的證據。三澄美琴，東海林和久部，UDI的所有人都全力以赴，想要幫助中堂從這個以為永遠都得不到答案的謎題中解脫出來。
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可是他們越是查找，案情卻越發撲朔迷離起來。
所有的案件之間都沒有共通性，死因，作案手法，地點全都沒有一樣的地方。
就在追查陷入僵局的時候，久部六郎從記者宍戶理一那裡得到了關鍵性的提示。
他們終于找到了犯人，可就在中堂醫生向犯人的居所飛奔而去時，犯人卻渾身是血的出現在了警察局的門口。
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夕希子在她唯一出版的繪本《茶色的小鳥》裡畫到，小鳥最後死去，變成了一朵花。
夕希子對中堂說：“就算是清冷寂寞的一生，隻要最後能變成花朵，那不也挺好的。在溫暖的，香氣宜人的地方變成美麗的花，你不覺得很幸福嗎？”
可是中堂并不明白，他覺得人死了就是死了，不會死而複生，也不會變成花。隻會留下無盡的痛苦與思念給還活着的人。
死了就什麼都沒有了，戀人想要創作的下一本粉色河馬的繪本，中堂再也沒有機會知道那會是怎樣的一個故事。
三澄美琴曾經對中堂說，如果可以因為強烈思念再次見到死者，那麼中堂就去問一問粉色的河馬到底是怎樣的故事。
中堂隻想問，到底犯人是誰。
殺害了一個一個無辜生命，卻依然一臉若無其事的樣子生活在人群中的犯人到底是誰。
而下一集就要迎來最後的結局。
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