《秘密森林2》的開篇是一起溺亡案：三個大學生自駕到統營海邊玩，其中兩個酒後在海裡溺亡。大霧，夜晚，海邊，沒有攝像頭，沒有目擊證人，隻有能沖刷證據的海水。
解開謎題的突破點是：案發當時誰在案發現場？
首先是同行的另一個大學生（暫時先不排除嫌疑，沒有确切的不在場證明，結合之後的劇情中提到校園霸淩，猜測會有相關性）
嗅覺靈敏的韓汝珍通過社交媒體找到了第二組嫌疑人——某财閥二代和女朋友，财閥二代卻在深入調查之前輕輕松松利用“前官禮遇”成功脫身，案件匆匆完結。（前官禮遇是指前公職人員辭職轉行做律師，可以享受同在職時一樣的待遇）
判定财閥二代無嫌疑的是檢方，檢方的調查權遠遠大于警方，兩方對于調查權的争奪正式開場。
故事線的轉變
警檢兩方鬥争的主要方式是互挖對方黑料，一些黑料适時公布給媒體，打輿論戰，而另一些握在手裡，成為談判的籌碼，談判桌的兩端是檢方的法治團和警方的革新團，檢察官黃始木和警監韓汝珍分别處于這兩個對立陣營中。
統營溺亡案成為警檢鬥争這條主線上的第一個分支案件，鬥争繼續進行，其他分支案件也重新浮出水面：警察自殺案和檢察長酒後猝死案。
檢察官徐東宰失蹤，把這三個已完結舊案的線頭一點點牽出，四個案件串聯，交織向前，開始正式的調查。
舊案有疑點，必然是警方或檢方掩蓋真相的結果，那誰最不想繼續調查？而分别處于這兩個陣營中的黃始木和韓汝珍，不得不做出選擇，是維護所處陣營的利益還是繼續尋找真相？
至此，故事線勢必會從警方和檢方的鬥争，走向以黃始木韓汝珍為代表的一小撮正義個體與試圖掩蓋真相的警檢高層及财閥的鬥争。
韓汝珍是本廳行政警察中，唯一一個不享受清閑的行政工作随時準備沖向犯罪現場的例外。
而黃始木，是檢察系統俯首稱臣的人中唯一站得筆直的例外。
他們和所處的群體格格不入，立場雖相對，信念卻一緻。韓汝珍擅長現場搜證，對證據細節嗅覺靈敏；黃始木擅長推理演繹，邏輯嚴密，倆人合力，成為故事向前最強的牽引。
轉折的契機
黃始木被禹部長指派“查出警方威脅議員籌碼”的任務，禹部長告訴他的解決方式是利用和韓汝珍相熟的關系打聽出答案，而黃始木的解決方式是靠自己去尋找答案，人情社會的規則，在他這裡作廢。
事情發生過，必然會留下痕迹。
黃始木觀察細緻，以一個細節（信封上的警察局名稱）為切入點，從網上搜索該警察局轄内的所有案件（篩選條件：警方可以掩蓋沒有被檢方發現）——到水原地檢查找這些案件的所有資料——篩選出可能被議員幹預的案件——根據是否能對議員構成威脅确定最終結果
黃始木找韓汝珍求證結果，求證的目的其實不是求證，而是拿已知的答案，傳遞他要開始尋找真相的信息，韓汝珍聽懂了他的決心，也确認了自己的本心，沖破迷霧的遊戲正式開始。
徐東宰失蹤案
證據梳理：
通話記錄 所涉人員：檢方法治團禹部長、韓喬集團、京畿地方檢察廳網頁浏覽記錄所涉人員：警方革新團崔光在查案件清單 所涉案件：校園暴力案、警察自殺案、檢察長猝死案、溺亡案消費記錄 所涉人員：女檢察官鄭敏夏（有和女檢察官一起吃飯的監控視頻，但是她隐瞞了）
嫌疑人及動機：
警察自殺案相關人員：金守航、舅舅、白組長。金守航和舅舅有不在場證明，白組長動機：試圖掩蓋收賄以及背後靠山統營溺亡案相關人員：幸存的大學生 動機未知徐東宰妻子：妻子和徐東宰分居，在被黃始木問到是不是有外遇的時候，妻子生氣地說“怎麼不問問他都做了什麼？”财閥：不明原因的電話，會長秘書撒謊檢察長猝死案：崔光或禹部長動機：檢察長猝死與他倆有關女檢察官：動機未知失蹤前見面的少年犯：動機未知
徐東宰失蹤，他在失蹤前的行蹤成為調查的關鍵，而他的行蹤牽出了曾經被掩蓋草草結案的真相，被掩蓋才得以重新被調查。第一季李昌俊的遺書中說：“能複原被摧毀的系統的，是人血。“
真相的代價，是個體的付出，個體在黑暗的迷霧森林中，隻是微弱的光，不過再微弱的光，在迷霧裡也能被清楚看到。
