據說，傳說中的歐亞大陸，有一座天空之城，那裡擁有無盡的寶藏以及超越地球文明幾千年的科技 ，這座建立在雲端上的架空帝國，擁有令人羨慕的飛行技術，可以不用任何能源自由自在的在天空翺翔。但這令多少人窮盡此生想要達到的夢想 ，卻不知在曾幾何時變成了廢墟 。
文明破滅之後，天空之城“拉普達”繼續漂浮在天空中，靠的是島上非常高明的飛行石技術，而這一切的命運之子，天空之城的女王 “希達”，卻渾然不知。
胸前的飛行石，散發出耀眼的光芒 ，少女希達，從空中緩緩落下，落入了少年巴魯的懷抱中。
第二天，希達在巴魯的房間裡醒來，發現房裡有一張天空之城拉普達的照片，據巴魯說，這個照片是他父親費勁千辛萬苦才找的，可除了他之外，沒有人相信。他的父親在郁郁寡歡中去世了，巴魯發誓一定要向他人證實，世上真的有天空之城的存在。與此同時，天空之城也引發了少女的美好向往 ，二人不謀而合。
海盜對财富的嗅覺總是靈敏的，以朵拉為首的空中海盜團找上門來，在兩人逃跑的過程中，卻不幸的遇到了軍方 。在兩夥勢力的夾縫中 ，最終還是落入了軍方的手中。
軍方少校穆斯卡，以巴魯威脅希達，希達為了心中所愛之人 ，故作冷漠的趕走了巴魯。
巴魯垂頭喪氣的回到家中，卻發現家已被海盜占領。 在海盜頭子朵拉的解讀下 ，巴魯感受到了自己的幼稚與無知 ，他決定與海盜合作，共同救出希達 。
希達被軍隊抓去後 ，慕斯卡帶她看一個來自天空之城機器人。
孤獨無助的希達，靜靜的看着窗外，想起了奶奶教給他的咒語，她自顧自的念着咒語，突然，一束青綠色的光芒 ，從胸前的飛行石中散發而出 。機器人被這光芒幻醒，複活了 。機器人想要保護希達，但希達卻一直害怕的躲避。在這追逐的過程中，整個要塞也随着機器人的破壞變成了火海。
可惜的是，即使機器人并無惡意，卻因不會表達，最終還是葬于慕斯卡的炮擊之下 。
巴魯趁亂和海盜前往要塞救出了希達，同時二人留在了海盜船上 。
夜晚降臨，在巴魯值班過程中，希達小公主爬上屋頂，和他一起取暖，互訴心意。可好景不長 ，整理要塞的慕斯卡偶然發現飛行石 ，飛行石散發出耀眼的光芒，指向遙遠的天空之城。
在那樣一座城，唯一的機載隻有一座安安靜靜的墳墓 ，千百年來，多少苔藓爬滿了墓碑，爬滿的是多少多事的春秋 ，留下的隻有安詳 。
而随着軍方海盜的登陸 ，這片祥和便消失不見了。
野心勃勃的穆斯卡得到飛行石後帶領軍隊乘坐艦艇向天空馳騁，他妄想獲取天空之城的科技力量，然後稱霸世界。
到達拉普達後，無知的軍方貪婪的搶奪寶藏。而早已精心策劃的穆斯卡，卻帶領着幾個随從和“拉普達的女王”希達，前往科技核心。
希達為了拯救天空之城，阻止穆斯卡的野心 ，想要丢棄那條項鍊 ，但終究力量抵不過穆斯卡，心願無法完成。
絕望之際，隻能在巴魯的陪伴下，念起毀滅的咒語 ，想和穆斯卡同歸于盡，讓這個天空之城不複存在 。
天空之城，不斷的向空中更遙遠處飛行，伴随着不間斷的凋零～
很多事情都是命中注定的，就好像你會遇到什麼人，經曆什麼樣的傷痛，最終如何離開這個世界，沒什麼能改變命運 。
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